Fundada em 1549 para ser a capital do Brasil (permanecendo assim até 1763, quando a sede do Vice-Reino foi transferida para o Rio de Janeiro), a Cidade do Salvador serviu de palco dos acontecimentos mais marcantes dos primeiros três séculos de nossa história colonial. Principal porto Atlântico das naus da "volta do mar", da rota das especiarias com destino ao Oriente, prosperou inicialmente com a exportação do açúcar produzido nos engenhos do Recôncavo Baiano (área geográfica do entorno da Baía de Todos os Santos) e depois do comércio entre a Colônia e Portugal.

Tudo começou em 1501, quando a primeira expedição de reconhecimento da terra descoberta por Pedro Álvares Cabral deparou-se com uma grande e bela baía - batizada de Baía de Todos os Santos pelo navegador Américo Vespúcio, por ter sido descoberta no dia 1º de novembro. O grande golfo tornou-se, então, uma referência aos navegadores, passando a ser um dos portos mais movimentados no continente americano.

Alguns registros históricos da época relatam fatos relevantes para a história da Cidade, como a saga do náufrago português Diogo Álvares que, em 1509, foi acolhido pela tribo Tupinambá que vivia no litoral das terras que futuramente pertenceriam a Salvador. Chamado de Caramuru, Diogo Álvares casou-se com a filha do cacique Taparica, a índia Paraguaçu, batizada em 1528 na França com o nome de Catarina Alvares. Caramuru desempenhou importante papel na construção da cidade mandada fazer pelo Rei de Portugal D. João III, que nomeou o capitão Thomé de Souza para ser o governador-geral do Brasil. A armada, capitaneada pela nau Conceição, trazia mais de mil pessoas em seis embarcações: as naus Conceição, Salvador e Ajuda, duas caravelas e um bergantim. Depois de 56 dias de viagem a esquadra foi recebida com festa por Caramuru e os Tupinambás. Thomé de Souza ficou no cargo até julho de 1553 e, um mês depois, voltou à Lisboa, sendo substituído pelo governador-geral D. Duarte da Costa. Com a chegada dos escravos africanos no final do século XVI a cidade prosperou por influência econômica das atividades portuárias e da produção de açúcar no Recôncavo.

Em 1583, Salvador tinha duas praças, três ruas e cerca de 1600 habitantes. A riqueza da Capital atraiu a atenção de estrangeiros, que promoveram expedições para conquistá-la. Saques e bombardeios de corsários ao porto de Salvador eram frequentes no final do século XVI e o início do século XVII. Com a união das coroas portuguesa e espanhola em 1580, os interesses do comércio marítimo estrangeiro foram contrariados e, ao se expirar o tratado de paz entre a Espanha e os Países Baixos, a Companhia das Índias Ocidentais (formada por capitais de comerciantes judeus e europeus) atacou Salvador em maio de 1624, onde permaneceu até abril de 1625, quando seus soldados foram expulsos pela armada de 40 navios mandada pela Espanha.

Em 1638, mais uma tentativa de invasão (desta vez comandada por Maurício de Nassau), não obteve êxito. Salvador permeneceu na condição de Capital da América Portuguesa até 1763, quando a sede do Vice-Reino foi transferida para a cidade do Rio de Janeiro. Porém, como capital da Província da Bahia, a cidade manteve sua importância política e econômica e, em 1808, recebeu a família real portuguesa (em fuga das tropas de Napoleão). Na ocasião, o príncipe regente D. João VI abriu os portos às nações amigas e fundou a Escola Médico-Cirúrgica da Bahia, no Terreiro de Jesus (Pelourinho), que viria a ser a primeira faculdade de medicina do Brasil.

A consciência libertária da população de Salvador deu origem a vários movimentos de contestação, com destaque para a Conjuração dos Alfaiates, em que um grupo de revoltosos inconformados com o domínio português, tentou fundar a República Bahiense. Em 1823, mesmo depois da proclamação da Independência do Brasil, a Bahia continuou ocupada pelas tropas portuguesas do brigadeiro Madeira de Mello. Mesmo depois da proclamação, as milícias patrióticas entraram na Cidade pela Estrada das Boiadas, atual Rua Lima e Silva, no bairro da Liberdade. A data passou a ser referência cívica dos baianos, comemorada anualmente com intensa participação popular.

Desde sua fundação, Salvador foi palco dos mais importantes eventos políticos, sociais e culturais, não só da capitania da Bahia, mas de toda a colônia.
Salvador foi a primeira cidade da Bahia e do Brasil, fundada para ser a sede do Governo-Geral nas novas terras portuguesas. Já havia na época da fundação algumas vilas como a do Pereira, São Vicente, Ilhéus e Porto Seguro. No entanto, ao chegar à Bahia, Tomé de Souza escolheu cuidadosamente o local onde deveria ser erguida uma cidade-forte na Bahia de Todos os Santos. Alguns autores afirmam que Tomé de Souza subiu a colina e escolheu um local de difícil acesso de onde poderia avistar de longe a chegada de navios estranhos.
Trouxe consigo algum material e mão-de-obra para a construção da cidade que tinha a estrutura de um forte, na área hoje localizada entre a Praça Castro Alves e o Pelourinho. Foram erguidos muros em volta das primeiras construções, entre elas a Casa dos Governadores e a Casa da Vereança. Duas portas de entrada davam acesso à cidade: ao Sul, a porta de Santa Luzia, próxima à antiga secretaria da Agricultura, e ao Norte, a porta de Santa Catarina, nas imediações do Terreiro de Jesus.
Segundo Mattoso (1992) a cidade já foi conhecida pelo nome São Salvador da Bahia de Todos os Santos, sendo o nome simplificado para Salvador nas recentes administrações. Mas seus habitantes ainda costumam chamá-la de Bahia.
Existem controvérsias quanto a data de fundação da cidade, tendo sido escolhido por pura conveniência, o dia 29 de março de 1549, data da chegada de Tomé de Souza à colônia. Outras datas foram sugeridas por historiadores como, por exemplo, o dia 13 de junho de 1549, dia da Procissão do Corpo de Deus; 1°de maio de 1549, quando foram expedidos mandatos de pagamento da construção da cidade; 30 de maio de 1549, dia da Ascensão do Senhor; 6 de agosto de 1549, dia da Transfiguração de Cristo.
Segundo Tavares (1987) a primeira e principal praça da cidade do Salvador é a atual praça Municipal e a atual Rua Chile foi uma das primeiras fundadas na cidade, segundo Carreira (1999) recebeu este nome em 1902. No fim do século XVIII estimava-se uma população de 60.000 habitantes para Salvador e 21.000 para toda a Capitania da Bahia.
A cidade cresceu rápida e desordenadamente em torno da cidade primitiva, enchendo-se de ruas estreitas e sujas como as de Portugal, segundo depoimento de visitantes estrangeiros, principalmente franceses. Cresceu inicialmente ao Sul em direção ao São Bento e ao Norte para o Carmo. Na dupla condição de cidade-fortaleza, e centro administrativo-entreposto comercial, a cidade do salvador passou a crescer em dois planos: na cidade baixa, bairro da Praia, formando comprida rua a Ribeira das Naus e as casas comerciais; na cidade alta, bairros de São Bento (incluindo Sé), Palma, Desterro, Saúde e Santo Antonio Além do Carmo.
No século XIX, segundo Tavares (1987), os relatos de alguns estrangeiros estipulavam a existência de 36 igrejas e vários conventos. Segundo Mattoso (1992) no fim do século XIX, a cidade já contava 144.959 habitantes.
Segundo o SEI (1998) em 1996 a população de Salvador já contava 2.211.539 habitantes, tendo a Região Metropolitana de Salvador 2.709.084 habitantes, 21,6% da população total. É hoje a 6ª região metropolitana mais populosa do país e a 3ª capital mais habitada, gerando 60% da renda de todo o estado da Bahia. Salvador ocupa hoje uma área de 299 km2.